۴) نِسطوریوس و کلیسای شرق
واژگانِ کلیدی در ارتباط با مسیحیت پارسی: کلیسای آشوریِ شرق، کاتولیکِ کَلدانی
در آغاز قرن پنجم، در امپراطوری روم دو مکتب فکریِ مسیحی وجود داشت که رویکرد الهیاتی‌شان متمایز بود. اگرچه تا این زمان باور به الوهیت و انسانیت کامل مسیح امری پذیرفته بود، لیکن سؤالی در خصوص رابطهٔ طبایع الهی و انسانی او ظهور کرد. مکتب اسکندریه که در شهر اسکندریهٔ مصر واقع است، بر اتحاد این دو طبیعت تأکید داشت حال آنکه مکتب انطاکیه که در ترکیهٔ امروزی واقع است، بر تمایز آنها تأکید داشت. وقتی نِسطوریوس از مکتب انطاکیه، در سال ۴۲۸ میلادی اسقف قسطنطنیه شد، این تنش بالا گرفت. او در وعظ خود اعلام کرد که مریم، مادر عیسی را، از آنجا که فقط مادر طبیعتِ انسانیِ عیسای مسیح بود، نمی‌توان شرعاً «مادر خدا» خواند. این مایهٔ رنجش سیریل، اسقف اسکندریه شد که می‌گفت طردکردنِ این حقیقت توسط نسطوریوس به‌مثابه اعتقاد به «فرزندخواندگی» است. تعلیمی مبتنی بر این که عیسای انسان کاملاً خدا نبود، بلکه پس از تولدش توسط خدا برای مأموریتی الهی برگزیده شد.
سیریل و نسطوریوس نامه‌های تندی رد و بدل و یکدیگر را به انواع بدعت‌گذاری‌ها متهم کردند. هر کدام از آنها باور داشت که دیگری از اهمیت نجات مسیح کاسته است. از دید سیریل و حامیانش، مسیح نسطوریوس به موجودی دو سر می‌ماند که در کتاب‌مقدس برخی مواقع همچون خدا و برخی مواقع همچون انسان عمل می‌کرد و سخن می‌گفت. سیریل باور داشت که طبیعت انسانی نمی‌تواند به‌طور کامل به شباهت الهی احیا شود؛ مگر آنکه کلام الهی به‌طور بنیادین در عیسی سکونت داشته باشد. با این‌حال، از دید نسطوریوس و حامیانش، مسیح سیریل، در واقع، نه حقیقتاً خدا بود نه حقیقتاً انسان، بلکه تلفیقی از هر دو. به‌علاوه، سیریل تأکید داشت که پس از اتحاد طبایع الهی و انسانی در تولد مسیح، او یک طبیعت الهی از کلام داشت. این نه تنها به‌مثابه تقلیل تأثیرناپذیریِ طبیعتِ الهی مسیح بود، بلکه او را ذاتاً با دیگر انسان‌هایی که آفریده، متفاوت می‌ساخت. بررسی دقیق نظریات نسطوریوس و سیریل نشان می‌دهد که هیچ‌یک از این اتهامات منصفانه نبودند، بلکه انتقاداتی فقط اغراق‌آمیز بودند. اگرچه این دو تفاوت‌های مهمی داشتند، اما برخاسته از تفاوت‌های ظریفی بودند که در واژگان یونانیِ به‌کار رفته وجود داشت.
کار در سال ۴۳۱ میلادی بالا گرفت و سیریل شورایی که بعداً به شورای سوم بین‌الکلیسایی معروف شد را در افسس تشکیل داد. از بخت بدِ نسطوریوس، اعضای شورای انطیاک که او روی حمایتشان حساب می‌کرد، دیر رسیدند و سیریل محکومیت و خلع نسطوریوس از مقام اسقفی قسطنطنیه را ترتیب داده و در انجام این مهم، تأیید سِلِستین اسقف رُم را نیز به‌دست آورده بود. یوحنا، اسقف انطاکیه، از این موضوع ناخرسند بود و شورایی رقیب تشکیل داد که در آن سیریل به‌عنوان بدعت‌گذار محکوم شد. او نمایندگانِ شورای سیریل را نپذیرفت و به‌مدت دو سال شقاقی عظیم بین این دو گروه ادامه یافت. سرانجام در سال ۴۳۳ میلادی، سیریل و یوحنا توسط امپراطور فراخوانده شدند تا قاعده‌ای برای اتحاد امضا کنند. این سند سازش بود و واژگان هر دو مکتب اسکندریه و انطاکیه را دربَر می‌گرفت و این، یوحنای انطاکیه را واداشت تا واژگان سیریل را در مورد اتحاد طبایع در مسیح بپذیرد و اعتقاد به «فرزندخواندگیِ» نسطوریوس را رد و محکوم کند. اما سیریل را نیز واداشت تا وجود دو طبیعت الهی و انسانی در مسیح را که حتی پس از اتحاد «نامختلط (ناب)» می‌مانند، بپذیرد.
بسیاری از پیروان یوحنا از این سازش ناخرسند بودند و آنانی که طرفدار نسطوریوس بودند، امپراطوری روم را به مقصد سامریه و پارس ترک کردند. این خروج پس از رد و محکوم‌شدن مجدد نسطوریوس در شورای کالسدون، در سال ۴۵۱ میلادی، تشدید شد. در این زمان، کلیسای سریانی‌زبانِ شرق عمدتاً و به دلایل سیاسی، پیوند خود را با کلیسای امپراطوری روم گسست. پس از شورای افسس در سال ۴۳۱ میلادی، کلیسای شرق فرصت یافت تا استقلال هویت خود را تحکیم بخشد، آن‌هم با پذیرفتن تعلیمی که امپراطوری روم آن را به‌عنوان بدعت محکوم کرده بود. بدین‌سان، نسطوریان در پارس مورد استقبال قرار گرفتند و کلیسای شرق مشارکت خود را با کلیسای روم پایان داد. کلیسای نسطوریِ مشرق‌زمین در سراسر پارس، هندوستان و حتی چین فعالیت‌های بشارتی گسترده‌ای انجام دادند.
اگرچه اعضای این کلیسا در کشوری با اکثریت مسلمان، اغلب در اقلیت بودند، اما کلیسای مشرق‌زمین یا کلیسای پارس، در دوران طلایی خود، در شهرهای مختلف پارس و مناطق مختلف جغرافیایی با هر گرایش فرقه‌ای مسیحی، ۶۸ اسقف داشت. این کلیسا تا حدود قرن ۱۴ اقتدار سیاسی و مذهبی چندی داشت، اما پس از آن به ورطهٔ سقوط افتاد. پس از شقاقی که در قرن ۱۶ اتفاق افتاد، برخی از اعضای کلیسای شرق به کلیسای کاتولیک روم پیوستند و به کلیسای کاتولیک کلدانی معروف شدند، اما دیگران از پیوستن خودداری کردند. بدین‌سان، گروه کوچکی از مسیحیان در ایران و عراق هنوز هم متعلق به کلیساهای نسطوری و آشوری باستان شرقند و به تعلیم نسطوریوس در خصوص ماهیت مسیح پایبندند. این کلیساها پس از جنگ ایران و عراق رو به افول گذاشتند و اعضایشان به ایالات متحده مهاجرت کردند، اما این کلیساها همچنان در تهران و ارومیه هستند. ساختمان‌های مدرن کلیساهای آشوری، که کمتر شمایل مذهبی را به‌کار می‌برند، به‌طرز مشهودی با کلیساهای کاتولیک رومی و ارتودکس شرق متفاوتند.